Certains systèmes de fichiers permettent d`associer différentes collections de données à un seul nom de fichier. Ces collections distinctes peuvent être appelées cours d`eau ou fourchettes. Apple a longtemps utilisé un système de fichiers fourchue sur le Macintosh, et Microsoft prend en charge les flux en NTFS. Certains systèmes de fichiers conservent plusieurs révisions passées d`un fichier sous un seul nom de fichier; le nom de fichier en lui-même récupère la version la plus récente, tandis que la version antérieure enregistrée peut être consultée en utilisant une convention de dénomination spéciale telle que “filename; 4″ ou “filename (-4)” pour accéder à la version quatre sauve il ya. La migration a l`inconvénient de nécessiter un espace supplémentaire, même si elle peut être plus rapide. Le meilleur cas est si l`espace inutilisé sur les médias qui contiendra le système de fichiers final. Les systèmes de fichiers ont généralement des répertoires (également appelés dossiers) qui permettent à l`utilisateur de regrouper des fichiers dans des collections distinctes. Cela peut être implémenté en associant le nom du fichier à un index dans une table des matières ou un inode dans un système de fichiers de type UNIX. Les structures de répertoires peuvent être plates (c`est-à-dire linéaires) ou permettre des hiérarchies où les répertoires peuvent contenir des sous-répertoires. Le premier système de fichiers pour prendre en charge les hiérarchies arbitraires des répertoires a été utilisé dans le système d`exploitation Multics.

[9] les systèmes de fichiers natifs des systèmes Unix-like prennent également en charge les hiérarchies de répertoires arbitraires, comme le font, par exemple, le système de fichiers hiérarchique d`Apple, et son successeur HFS + dans Mac OS classique, le système de fichiers FAT dans MS-DOS 2,0 et les versions ultérieures de MS-DOS et dans Microsoft Windows, le système de fichiers NTFS dans la famille de systèmes d`exploitation Windows NT, et le ODS-2 (sur-disque structure-2) et les niveaux plus élevés du système de fichiers Files-11 dans OpenVMS. Il en résulte un espace inutilisé lorsqu`un fichier n`est pas un multiple exact de l`unité d`allocation, parfois appelé espace mou. Pour une allocation de 512 octets, l`espace inutilisé moyen est de 256 octets. Pour les clusters de 64 Ko, l`espace inutilisé moyen est 32 Ko. La taille de l`unité d`allocation est choisie lors de la création du système de fichiers. Le choix de la taille d`allocation en fonction de la taille moyenne des fichiers attendus dans le système de fichiers peut minimiser la quantité d`espace inutilisable. Souvent, l`allocation par défaut peut fournir une utilisation raisonnable. Le choix d`une taille de répartition trop faible entraîne une surcharge excessive si le système de fichiers contient principalement des fichiers très volumineux. exFAT est pris en charge dans macOS à partir de la version 10.6.5 (Snow Leopard). [25] la prise en charge dans d`autres systèmes d`exploitation est clairsemée puisque Microsoft n`a pas publié les spécifications du système de fichiers et la prise en charge d`exFAT nécessite une licence.